Mikroskopi se široko koriste u školama iz nekoliko razloga:
1.Poboljšano iskustvo učenja: Mikroskopi omogućuju učenicima promatranje sićušnih objekata i struktura iz prve ruke, pružajući intuitivno iskustvo učenja. Kroz mikroskope učenici mogu vidjeti mikroskopske strukture kao što su stanice, bakterije i tkiva te produbiti svoje razumijevanje znanstvenih predmeta kao što su biologija i kemija. Ovaj praktični pristup učenju pomaže studentima da bolje razumiju apstraktne koncepte i teorije.
2. Istražite prirodni svijet: mikroskopija omogućuje učenicima dubinsko istraživanje najsitnijih pojava i promjena u prirodi. Mogu promatrati detalje o kukcima, staničnu strukturu biljaka, aktivnost mikroorganizama u vodi i još mnogo toga. Kroz ovu vrstu promatranja, učenici razvijaju znatiželju o prirodnom svijetu i potiču strast za znanstvenim istraživanjem.
3. Razvijanje promatračkih i eksperimentalnih vještina: Korištenje mikroskopa zahtijeva od učenika da razviju promatračke i eksperimentalne vještine. Trebaju naučiti prilagoditi fokus mikroskopa, koristiti odgovarajuće svjetlosne uvjete te naučiti promatrati, bilježiti i tumačiti pojave koje vide. Te su vještine ključne za razvoj znanstvenih istraživanja i eksperimentalnih metoda.
4. Poboljšati znanstvenu pismenost: korištenje mikroskopa može poboljšati znanstvenu pismenost učenika. Učenicima pomažu razviti kritičko mišljenje, zapažanje, rasuđivanje i vještine rješavanja problema. Praktičnom primjenom mikroskopa učenici mogu bolje razumjeti važnost znanstvenih metoda i znanstvenog istraživanja te njegovati znanstveno mišljenje i znanstveni duh.
5. Podrška multidisciplinarnoj nastavi: mikroskopi imaju širok raspon primjena u različitim disciplinama. Osim biologije i kemije, mogu se koristiti i za proučavanje geografije, znanosti o materijalima, medicine itd. Multidisciplinarna primjena mikroskopa čini ga svestranim alatom u školskom obrazovanju.