Mikroskop je jedan od najvećih izuma čovječanstva. Prije njegovog izuma, ljudske ideje o svijetu oko sebe bile su ograničene na korištenje golim okom ili držanje leća koje pomažu vidjeti golim okom.
Mikroskopi su otvorili potpuno novi svijet u ljudskom vidu, videći po prvi put unutarnje djelovanje stotina "novih" sićušnih životinja i biljaka, od ljudskih tijela do biljnih vlakana. Mikroskopija također pomaže znanstvenicima u otkrivanju novih vrsta i pomaže liječnicima u liječenju bolesti.
Prvi mikroskopi napravljeni su u Nizozemskoj krajem 16. stoljeća. Izumitelji su bili Yas Jensen, nizozemski optičar ili drugi nizozemski znanstvenik, Hans Lipsch, koji su napravili jednostavne mikroskope s dvije leće, ali nisu izvršili nikakva važna opažanja s tim instrumentima.
Dvoje ljudi kasnije je počelo koristiti mikroskope u znanosti. Prvi je bio talijanski znanstvenik Galileo Galilei. Prvi put je opisao kukca kroz mikroskop po njegovim složenim očima. Drugi je bio nizozemski trgovac lanom Leeuwenhoek (1632-1723), koji je i sam naučio oštriti leće. Po prvi put opisao je mnoge golim okom nevidljive sićušne biljke i životinje.
Godine 1931. Ernst Ruska napravio je revoluciju u biologiji razvivši elektronski mikroskop. To znanstvenicima omogućuje promatranje objekata malih kao milijunti dio milimetra. Godine 1986. dobio je Nobelovu nagradu.